本校內部控制制度於99年11月12日經第25屆董事會第4次會議通過施行，共分總則、內部組織架構，人事事項、財務事項、營運事項、關係人交易及內部稽核實施細則等7大項目。109學年度校內各單位重新討論及制定內部控制制度，於110學年度第 1 次內部控制委員會(110年8月9日)修正通過，110學年度第 4 次行政會議(110年9月27日)修正通過，第28屆第2次董事會(110年11月15日)核備，新版本內部控制制度共分總則、內部組織架構，風險評估、控制作業資訊傳達與溝通管道及監督作業等6大項目。
依據「學校財團法人及所設私立內部控制度實施辦法」第22條「學校法人、學校、學校之附屬機構及相關事業，應定期檢討及修正本制度」，本校於110年11月15日第28屆第2次董事會議通過授權行政會議進行審議。秘書室於每年2月統一函發提醒各單位提案至內控委員會進行審議，內控委員會審議後並提交行政會議複審，並於每學年末報董事會核備。
本校最新版本之內部控制制度於112年5月23日111學年度第1次內部控制委員會修正通過，送112年6月5日111學年度第21次行政會議修正通過，並送112年6月26日第28屆第6次董事會核備。
